Органи на Фондот се Управниот одбор и директорот на Фондот.
Управниот одбор, како орган на управување, е составен од седум членови кои ги именува Владата на Република Северна Македонија, за време од четири години. Од вкупниот број на членови, пет членови, односно по еден претставник се именуваат на предлог на: Министерството за труд и социјална политика, Министерството за финансии, Репрезентативниот синдикат член на Економско социјалниот совет, Репрезентативното здружение на работодавачите член на Економско социјалниот совет и Сојузот на здруженијата на пензионерите на Македонија.
| Име и презиме | Функција |
|---|---|
| Боро Варошлија | Претседател |
| Љупчо Фармакоски | Заменик претседател |
| Божин Петрески | Член |
| Даут Хајрулахи | Член |
| Марјан Кицев | Член |
| Станка Трајкова | Член |
| Ленче Коцевска | Член |
Управниот одбор на Фондот го утврдува Буџетот на Фондот и ја усвојува Завршната сметка на Фондот, управува и одлучува за користење на средствата на Фондот, го следи остварувањето на меѓународните договори и меѓународните спогодби, разгледува информации, извештаи, прашања и други материјали во врска со состојбите од пензиското и инвалидско осигурување, формира комисии и други работни тела утврдени со Законот и Статутот на Фондот.
За својата работа, Управниот одбор на Фондот е одговорен пред Владата на Република Македонија за што секоја година доставува Годишен извештај за работата на Фондот.
Директорот раководи со Фондот и го претставува и застапува пред трети лица.
Директорот на Фондот ги врши работите утврдени со Закон, Статут и други акти на Фондот и ја организира и координира работата на вработените во Фондот.
Директорот на Фондот има заменик. Заменик-директорот го заменува директорот на Фондот за време на негово отсуство и врши други работи утврдени со Статутот на Фондот.